福建師范大學(xué)閩南科技學(xué)院總共有23個專業(yè)。

福建師范大學(xué)閩南科技學(xué)院本科專業(yè)有18個：服裝設(shè)計與工程、國際經(jīng)濟與貿(mào)易、信息管理與信息系統(tǒng)、市場營銷、計算機科學(xué)與技術(shù)、工商管理、網(wǎng)絡(luò)工程、教育技術(shù)學(xué)、教育技術(shù)學(xué)（數(shù)字媒體設(shè)計與制作方向）、應(yīng)用化學(xué)、生物工程、食品科學(xué)與工程、環(huán)境科學(xué)、光信息科學(xué)與技術(shù)、電子信息工程、英語、漢語言文學(xué)、廣告學(xué)。

福建師范大學(xué)閩南科技學(xué)院其他專業(yè)有5個：數(shù)字媒體藝術(shù)、生物技術(shù)、信息工程、通信工程、城市管理。