福建中醫(yī)藥大學(xué)總共有16個專業(yè)。

福建中醫(yī)藥大學(xué)本科專業(yè)有14個：中醫(yī)學(xué)、針灸推拿學(xué)、護理學(xué)、制藥工程、醫(yī)學(xué)影像學(xué)、食品科學(xué)與工程、中藥學(xué)、市場營銷、臨床醫(yī)學(xué)、公共事業(yè)管理、應(yīng)用心理學(xué)、中西醫(yī)臨床醫(yī)學(xué)、藥物制劑、藥學(xué)。

福建中醫(yī)藥大學(xué)其他專業(yè)有2個：康復(fù)治療學(xué)、信息管理與信息系統(tǒng)。