福建工程學院總共有44個專業(yè)。

福建工程學院本科專業(yè)有37個：軟件工程、建筑學、城市規(guī)劃、機械設計制造及其自動化、土木工程、材料成型及控制工程、建筑環(huán)境與設備工程、給水排水工程、工業(yè)設計、車輛工程、交通工程、勘查技術與工程、電氣工程及其自動化、環(huán)境工程、電子信息工程、材料科學與工程、網(wǎng)絡工程、通信工程、計算機科學與技術、電子科學與技術、國際經(jīng)濟與貿易、公共事業(yè)管理、市場營銷、法學、物流管理、信息與計算科學、漢語言文學、信息管理與信息系統(tǒng)、廣告學、英語、工程管理、新聞學、工程造價、工業(yè)工程、工商管理、會計學、房地產經(jīng)營管理。

福建工程學院其他專業(yè)有7個：物聯(lián)網(wǎng)工程、化學工程與工藝、交通運輸、工商管理、數(shù)字媒體技術、知識產權、電氣信息。