菏澤學院總共有39個專業(yè)。

菏澤學院本科專業(yè)有29個：歷史學、食品科學與工程、自動化、機械電子工程、計算機科學與技術(shù)、化學工程與工藝、學前教育、漢語言文學、生物工程、小學教育、英語、網(wǎng)絡(luò)工程、信息與計算科學、日語、農(nóng)學、動物醫(yī)學、資源環(huán)境與城鄉(xiāng)規(guī)劃管理、廣播電視新聞學、數(shù)學與應(yīng)用數(shù)學、園林、財務(wù)管理、物理學、勞動與社會保障、物流管理、思想政治教育、化學、生物科學、電子信息科學與技術(shù)、心理學。

菏澤學院其他專業(yè)有10個：經(jīng)濟學、化學、機械、生物工程、廣告學、工商管理、數(shù)學、制藥工程、動物生物技術(shù)、特殊教育。