石河子大學(xué)總共有93個專業(yè)。

石河子大學(xué)本科專業(yè)有84個：歷史學(xué)、動物科學(xué)、動物醫(yī)學(xué)、臨床醫(yī)學(xué)、藥學(xué)、護(hù)理學(xué)、中藥學(xué)、預(yù)防醫(yī)學(xué)、農(nóng)業(yè)機械化及其自動化、農(nóng)學(xué)、經(jīng)濟學(xué)、農(nóng)林經(jīng)濟管理、口腔醫(yī)學(xué)、園藝、工業(yè)工程、物流管理、統(tǒng)計學(xué)、植物保護(hù)、機械設(shè)計制造及其自動化、旅游管理、醫(yī)學(xué)影像學(xué)、林學(xué)、信息管理與信息系統(tǒng)、審計學(xué)、化學(xué)工程與工藝、工商管理、農(nóng)業(yè)資源與環(huán)境、思想政治教育、醫(yī)學(xué)檢驗、園林、法學(xué)、市場營銷、農(nóng)業(yè)水利工程、種子科學(xué)與工程、政治學(xué)與行政學(xué)、電子信息工程、建筑學(xué)、會計學(xué)、教育學(xué)、計算機科學(xué)與技術(shù)、設(shè)施農(nóng)業(yè)科學(xué)與工程、水利水電工程、體育教育、財務(wù)管理、電氣工程及其自動化、運動訓(xùn)練、國際經(jīng)濟與貿(mào)易、電子商務(wù)、食品質(zhì)量與安全、土木工程、人力資源管理、給水排水工程、環(huán)境工程、金融學(xué)、公共事業(yè)管理、材料科學(xué)與工程、食品科學(xué)與工程、資源環(huán)境與城鄉(xiāng)規(guī)劃管理、生物技術(shù)、美術(shù)學(xué)、應(yīng)用心理學(xué)、英語、應(yīng)用化學(xué)、學(xué)前教育、俄語、地理信息系統(tǒng)、地理科學(xué)、漢語言（維語方向）、信息與計算科學(xué)、教育技術(shù)學(xué)、藝術(shù)設(shè)計學(xué)、輕工紡織食品、科學(xué)教育、英語（商務(wù)英語方向）、數(shù)學(xué)與應(yīng)用數(shù)學(xué)、應(yīng)用物理學(xué)、漢語言、生物科學(xué)類（生物科學(xué)、生物技術(shù)）、物理學(xué)、化學(xué)、漢語言文學(xué)、生物科學(xué)、廣播電視新聞學(xué)、音樂學(xué)。

石河子大學(xué)?？茖I(yè)有6個：建筑工程技術(shù)、護(hù)理、藥學(xué)、數(shù)控技術(shù)、機電一體化技術(shù)、旅游管理。

石河子大學(xué)其他專業(yè)有3個：工商管理、經(jīng)濟學(xué)、生物科學(xué)。