山東農(nóng)業(yè)工程學(xué)院總共有46個(gè)專業(yè)。

山東農(nóng)業(yè)工程學(xué)院本科專業(yè)有8個(gè)：設(shè)施農(nóng)業(yè)科學(xué)與工程、機(jī)械電子工程、物聯(lián)網(wǎng)工程、測(cè)繪工程、食品質(zhì)量與安全、物流工程、土地資源管理、視覺傳達(dá)設(shè)計(jì)。

山東農(nóng)業(yè)工程學(xué)院專科專業(yè)有38個(gè)：食品營養(yǎng)與檢測(cè)（中澳合作）、經(jīng)濟(jì)管理、食品營養(yǎng)與檢測(cè)、市場(chǎng)營銷、農(nóng)村能源與環(huán)境技術(shù)、動(dòng)漫設(shè)計(jì)與制作、物流管理、裝潢藝術(shù)設(shè)計(jì)、金融與證券、環(huán)境藝術(shù)設(shè)計(jì)、連鎖經(jīng)營管理、通信技術(shù)、計(jì)算機(jī)應(yīng)用技術(shù)、會(huì)計(jì)、計(jì)算機(jī)網(wǎng)絡(luò)技術(shù)、軟件技術(shù)、會(huì)計(jì)電算化、商務(wù)英語、國際商務(wù)、食品質(zhì)量與安全監(jiān)管、電子商務(wù)、文秘、畜牧獸醫(yī)、應(yīng)用韓語、園林技術(shù)、物業(yè)管理、園藝技術(shù)、國土資源管理（?？疲?、植物保護(hù)、作物生產(chǎn)技術(shù)、房地產(chǎn)經(jīng)營與估價(jià)、林業(yè)技術(shù)、建筑工程管理、報(bào)關(guān)與國際貨運(yùn)、地籍測(cè)繪與土地管理信息技術(shù)、機(jī)電一體化技術(shù)、電氣自動(dòng)化技術(shù)、汽車檢測(cè)與維修技術(shù)。