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新疆醫(yī)科大學2021在全國本科院校排名第329位，強于第330名的浙江科技學院，第331名的上海對外經(jīng)貿(mào)大學，第332名的廈門理工學院，第333名的大連交通大學，第334名的四川美術(shù)學院。在新疆排第3名，強于第4名的新疆師范大學，第5名的新疆農(nóng)業(yè)大學，第6名的新疆財經(jīng)大學，第7名的塔里木大學，第8名的喀什大學。

綜合實力排名（校友會版）

在全國本科院校排名第240位，在新疆排第4名。

綜合實力排名（軟科版）

在全國本科院校排名第258位，在新疆排第1名。