新疆交通職業(yè)技術學院總共有36個專業(yè)。

新疆交通職業(yè)技術學院專科專業(yè)有23個：汽車電子技術、工程機械運用與維護、機電一體化技術、公路運輸與管理、汽車制造與裝配技術、工程測量技術、物流管理、汽車技術服務與營銷、交通安全與智能控制、公路監(jiān)理、機動車保險實務、鐵道工程技術、道路橋梁工程技術、計算機網(wǎng)絡技術（高速公路通信）、建筑工程管理（公路工程）、電氣化鐵道技術、安全技術管理、項目管理(公路工程)、高等級公路維護與管理、工程造價、汽車運用技術、汽車檢測與維修技術、汽車整形技術。

新疆交通職業(yè)技術學院其他專業(yè)有13個：公路工程質(zhì)量監(jiān)理與檢測、汽車商務、物流、機動車保險實務、計算機網(wǎng)絡技術、交通安全與智能控制、道路與橋梁工程施工、汽車運用與維修、汽車車身修復（汽車美容）、汽車電子技術應用、工程機械運用與維修、公路養(yǎng)護與管理（高等級公路）、交通運輸管理。