上海中醫(yī)藥大學總共有31個專業(yè)。

上海中醫(yī)藥大學本科專業(yè)有30個：中西醫(yī)臨床醫(yī)學、護理學、藥學、中醫(yī)學、中醫(yī)學(基礎醫(yī)學方向)、康復治療學、中醫(yī)學(臨床方向)、中醫(yī)學(針灸推拿英語班)、藥學類（中外）、基礎醫(yī)學、中藥學、中醫(yī)學(中醫(yī)方向)、針灸推拿學、中醫(yī)學(骨傷方向)、中醫(yī)學、康復治療學(中西醫(yī)結合方向男)、康復治療學(中西醫(yī)結合方向女)、藥學、中藥制藥技術(本部)、營養(yǎng)學、公共事業(yè)管理、醫(yī)學營養(yǎng)(中醫(yī)營養(yǎng)方向)、醫(yī)療美容技術(中醫(yī)美容方向)、運動人體科學、康復治療技術(老年管理與服務方向)、護理(中外合作)、護理(中西醫(yī)結合)、護理(梅隴教學分部)、醫(yī)學營養(yǎng)(營養(yǎng)與衛(wèi)生方向)、康復治療學(中西醫(yī)結合方向)。

上海中醫(yī)藥大學其他專業(yè)有1個：藥學類（中外合作辦學）。