上海海事大學總共有45個專業(yè)。

上海海事大學本科專業(yè)有43個：測控技術(shù)與儀器、航海技術(shù)、環(huán)境工程、工業(yè)設計、輪機工程、行政管理（海洋管理）、通信工程、網(wǎng)絡工程、港口航道與海岸工程、電子信息工程、機械電子工程、安全工程、自動化、物流工程、船舶與海洋工程、交通工程、電氣工程及其自動化、交通運輸、信息管理與信息系統(tǒng)、計算機科學與技術(shù)、工業(yè)工程、經(jīng)濟學、機械設計制造及其自動化、金融學、船舶電子電氣工程、國際經(jīng)濟與貿(mào)易、電氣信息類（中外）、電子商務、機械類（中外）、管理科學、會計學、視覺傳達設計、工商管理、英語（大類招生）、日語、財務管理、行政管理、交通管理、旅游管理、物流管理、法學、信息與計算科學、數(shù)學與應用數(shù)學。

上海海事大學其他專業(yè)有2個：能源與動力工程、材料科學與工程。