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南京工程學院2021在全國本科院校排名第279位，強于第280名的沈陽航空航天大學，第281名的內蒙古工業(yè)大學，第282名的北京建筑大學，第283名的江西理工大學，第284名的安徽農業(yè)大學。在江蘇排第26名，強于第27名的蘇州科技大學，第28名的徐州醫(yī)科大學，第29名的南京審計大學，第30名的常熟理工學院，第31名的鹽城工學院。

綜合實力排名（校友會版）

南京工程學院2021在全國本科院校排名第269位，強于第271名的中國青年政治學院，第271名的鄭州航空工業(yè)管理學院，第272名的天津職業(yè)技術師范大學，第272名的成都大學，第272名的中原工學院。在江蘇排第22名，強于第23名的南京審計大學，第24名的鹽城師范學院，第25名的淮陰師范學院，第26名的蘇州科技大學，第27名的鹽城工學院。

綜合實力排名（軟科版）

南京工程學院2021在全國本科院校排名第258位，強于第259名的北京聯合大學，第260名的長春工業(yè)大學，第261名的遼寧工程技術大學，第262名的湖州師范學院，第263名的江漢大學。在江蘇排第21名，強于第22名的鹽城工學院，第23名的鹽城師范學院，第24名的淮陰師范學院，第25名的淮陰工學院，第26名的常熟理工學院。