北京市第三十九中學是一所歷史悠久的普通完全中學。其前身是光華女中、耕莘中學(兩所寄宿制教會學校)，1952 年由北京市人民政府接管后，正式命名為北京市第三十九中學。2019年3月，入選北京市首批義務教育學校管理標準達標學校。

北京市第三十九中學前身是光華女中、耕莘中學兩所寄宿制教會學校。光華女中初創(chuàng)于1904年，由天主教北京教區(qū)若瑟修女會所創(chuàng)辦。當時女界之先覺者知非興學育材、發(fā)展女教不足以培養(yǎng)國本、改進社會，因于京師西什庫南端若瑟會址約集同志，講學論道。至民國十一年七月(公元1922年)為培植女學師資起見，設立若瑟女學師范學校及附屬小學，后正式呈準立案。民國十八年八月(公元1929年)依照部章，停辦師范，改辦中學，但高中仍為師范并易名為北平市私立光華女子中學。后由校董事會另推賀德馨為校長。民國二十三年秋季(公元1934年)遵照新頒布學制，將高中師范班逐年結(jié)束，初、高級一律改為中學。民國二十六年六月(公元1937年)，為加強督催與指導，增聘田耕莘主教為該校名譽董事長。

耕莘中學原系天主教會設立之天使修院。1946年春，田耕莘任北京(當時為北平)總主教，鑒于修院課程與一般中學不無差異，未能滿足畢業(yè)修生升學或就業(yè)之需求，乃毅然計劃將此修院改組為正式中學。同年8月，成立學校董事會，名曰私立耕莘中學董事會，公推田耕莘主教為董事長，即為學校的創(chuàng)始人。同年11月25日，偽教育局核準私立耕莘中學開辦。學校聘任輔仁等海內(nèi)外大學畢業(yè)生從事教學工作，至1949年2月北平解放后，在校學生人數(shù)由創(chuàng)辦伊始的135人增至574人，實驗室、圖書館、辦公室等分別改建與擴充，學校行政、教學制度、校舍設備逐漸完善，學校組織與學校課程均依照政府指示加以改正，辦學質(zhì)量迅速提高。

自學校實行校長負責制十幾年來，三十九中整體取得了可喜的成就。高質(zhì)量地完成九年制義務教育，初中畢業(yè)生升學率近乎百分之百，高考錄取率逐年增加，已超過了百分之八十。德育整體化工作推廣實施，"五育三層次"得到了全面貫徹和落實，"兩操""兩課"質(zhì)量和心理教育科研水平進一步提高。全校各年級同學的綜合素質(zhì)得到加強。一批青年教師穎脫而出，已成為三十九中教育教學的骨干，我校教師很多有質(zhì)量的論文相繼在全國、市、區(qū)主要刊物上得以發(fā)表。學校獲得了西城區(qū)中學教學管理達標校、中國青少年素質(zhì)教育研究實踐優(yōu)秀基地校、西城區(qū)心理教育科研特色學校、北京市心理教育實驗校、西城區(qū)可持續(xù)發(fā)展教育展示校、西城區(qū)社會治安綜合治理先進單位、西城區(qū)涉臺教育基地試點校、西城區(qū)先進黨支部、西城區(qū)教育系統(tǒng)教代會達標工作先進單位、北京市和西城區(qū)先進職工之家、北京市模范職工之家、西城區(qū)敬老文明先進校、全國教育工會先進單位、西城區(qū)普教系統(tǒng)優(yōu)秀團委等榮譽稱號。八十年來，尤其是建國以后半個多世紀以來，北京市第三十九中學向高等院校輸送了大批合格畢業(yè)生，為國家為社會培養(yǎng)了數(shù)以萬計的建設者和接班人。其中有很多杰出的畢業(yè)生，為國家為人民做出了突出的奉獻，為母校贏得光彩!他們中有共和國的部長、省長，全國人大代表，全國政協(xié)委員;有科學家、文學家、教育家、藝術(shù)家、著名運動員;更多的是在平凡工作崗位上做出貢獻的普通勞動者和建設者!在2011年中國科學院院士的增選中，1971年畢業(yè)的校友張維巖當選為中科院院士。

北京市第三十九中坐落于北京城市的中心地帶，南鄰中央所在地中南海，北接寬敞的平安大街，東與北京西什庫教堂一墻之隔，西連西四阜景繁華大街。是一所即有古老傳統(tǒng)文化，又充滿現(xiàn)代化氣息的完全中學。多年來，學校堅持正確的辦學方向，認真貫徹德、智、體、美、勞全面發(fā)展的教育方針，在教育改革的實踐中積極探索，逐漸形成“團結(jié)、奮進、求實、創(chuàng)新”的優(yōu)良傳統(tǒng)和校風。

北京市第三十九中學現(xiàn)校舍，是近年內(nèi)市區(qū)兩級政府投資9千萬元，于2002年8月建成的一個以六層教學大樓為主立體建筑的新校舍，總占地面積約1.3萬平方米，主體建筑的使用面積 18000 ㎡，可容納32個教學班，內(nèi)有化學實驗室、物理實驗室、生物實驗室各3個，總面積900平方米。計算機房、美術(shù)、音樂、歷史、地理、觀摩、多媒體等專用教室10個，總的面積950 ㎡。樓內(nèi)設有圖書館350 ㎡、閱覽室300㎡ 教師電子備課室、學生電視臺、多功能廳、報告大廳、形體健身房、體育館、游泳館，及可供全校師生千人用餐的食堂。院內(nèi)有4749 ㎡環(huán)形塑膠跑道，人工草皮操場和998 ㎡羽毛場，與六層教學大樓競相輝映，氣派非凡。學校教學設施完善，具有全國領先水平，每個教室均配有計算機、實物展臺、背投等多媒體教學設備，網(wǎng)絡設施完善，自動化辦公條件具全。電子圖書閱覽，綠色生態(tài)展示基地，充分顯示出學校教學與管理的高科技水平。

北京市第三十九中學現(xiàn)有24個教學班，其中初中班12個，高中班12個，(外國學生班2個)，全校在校學生近千人。在職教職工130人。

從87年開始實行校長負責制。學校設校務辦公室、學生工作處、教學工作處、總務處和外國學生部等行政職能部門，由校長統(tǒng)一領導，統(tǒng)一指揮，分級管理。學校實行年級組與教研組并設制，分工合作共同完成教育教學任務。學校教代會依照有關法規(guī)參加學校的民主管理和民主監(jiān)督。

學校有專任教師70人，高中34人，初中36人，高級職稱教師約占40%，近年來學校吸收了一大批具有較強專業(yè)知識的青年教師來校任教，他們都具有本科或研究生學歷，英語均達到國家四級獲四級以上(高至八級)水平，并能熟練的運用計算機、多媒體等現(xiàn)代化手段輔助教學。在學校德師工程、優(yōu)師工程、名師工程、惠師工程的引導下，一批優(yōu)秀青年骨干教師成長起來，各學科均具有區(qū)校兩級學科帶頭人，在教學領域發(fā)揮著重要作用。

學校教風嚴謹，管理嚴格，對教師教學業(yè)務提出明確要求，“六大教學基本功，九項常態(tài)課堂教學標準和十三條教學能力，”實現(xiàn)人人達標。并要求教師認真履行崗位職責，模范遵守職業(yè)道德規(guī)范。在全校師生的共同努力下，學校教育教學質(zhì)量逐年提高，中考、會考、高考的某些學科成績達到同類校的較高水平。學生素質(zhì)明顯改變，在市區(qū)舉行的各項知識技能比賽中，多名學生多項獲獎。學校先后被確定為“中國青少年素質(zhì)教育研究實踐基地”，“北京市西城區(qū)心理教育特色校”、“涉臺教育試點校”、“教學管理達標校”、“北京市西城區(qū)聯(lián)合國教科文組織可持續(xù)發(fā)展實驗校”。

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