沈陽藥科大學總共有22個專業(yè)。

沈陽藥科大學本科專業(yè)有19個：藥事管理、應用化學、臨床藥學、環(huán)境科學、藥學（食品藥學方向）、藥物化學、藥學（理科基地班）、制藥工程、藥學（日語強化班）、生物工程、葡萄與葡萄酒工程、中藥制藥、生物制藥（生命基地班）、國際經(jīng)濟與貿(mào)易、工商管理、市場營銷、中藥學、中藥學（日語強化班）、中藥資源與開發(fā)。

沈陽藥科大學其他專業(yè)有3個：生物醫(yī)學工程、生物制藥、藥物分析。